Paret, som enligt tyska sekretesslagar identifierats som Twana H.S. och Asia R.A., greps i april i delstaten Bayern.
Unga sexslavar
De två misstänks också för att ha varit medlemmar i Islamiska staten i Irak och Syrien mellan oktober 2015 och december 2017, uppger den allmänna åklagaren.
De ska ha hållit en femårig yazidisk flicka som slav från slutet av 2015. Från oktober 2017 ska de ha utökat slavarbetet till att omfatta en 12-årig flicka.
Köpt på en basar
Enligt åklagaren köpte paret de två barnen i en välsorterad basar i Irak. Mannen anklagas för att ha våldtagit flickorna, medan kvinnan, som en god hustru, anklagas för att ha ordnat saker, sminkat och fått dem att se inbjudande ut.
Paret ska enligt åtalet även ha utövat ”allvarligt fysiskt våld” mot flickorna, tvingat dem att arbeta kontinuerligt och straffat dem fysiskt.
Allt för att förstöra religionen
När de lämnade Syrien i november 2017 ska flickorna ha överlämnats till andra IS-medlemmar.
– Allt detta tjänade organisationens mål att förstöra den yazidiska religionen, sade åklagaren.
FN rapporterade 2014 att cirka 5 000 yazidier hade mördats medan 5 000 till 7 000 kvinnor och barn hade tillfångatagits av IS som misshandlade, torterade, förslavade, sålde och utnyttjade dem sexuellt.